Enne jäätmepõletusahju kasutamist tuleb jäätmed rangelt sorteerida, et vältida süttivate, plahvatusohtlike, metalliliste või suurte kivide ja muude sobimatute materjalide lisamist. Söödatavate jäätmete kogust tuleks mõistlikult kontrollida vastavalt seadme projekteeritud võimsusele, et vältida mittetäielikku põlemist või seadme ülekoormamist liigse söötmise tõttu korraga. Ühtlase põlemistemperatuuri ja tõhususe tagamiseks tuleks väikeseid või mobiilseid põletusahju toita partiidena.
Seadme käivitamisel tuleb ahju eelsoojendada, et tagada ahju stabiilse kõrge temperatuur. Põlemisel tuleks tähelepanu pöörata õhuvoolu ja põlemiskiiruse reguleerimisele, et tagada jäätmete täielik põlemine kõrge temperatuuriga keskkonnas. Puhuri õhuvoolu ja põlemisaega saab vastavalt niiskusele ja jäätmeliigile reguleerida, et tagada jäätmete täielik oksüdeerumine, vähendades samal ajal suitsugaaside tekke ja teisese saaste tekkimise ohtu.
Töötamise ajal tuleb ahju, väljalasketorusid, põlemisjuhtimissüsteemi ja suitsugaaside puhastusseadet regulaarselt kontrollida, et tagada normaalne töö. Pärast iga toimingut tuleb ahju jäägid, jahutustuhk ja tuhakasti kogunenud tuhk puhastada, et vältida ummistumist või liigset tuha kogunemist, mis võib mõjutada järgmist põlemistõhusust. Suitsugaaside puhastussüsteemide puhul tuleks regulaarselt kontrollida filtrikottide, tolmukollektorite ja aktiivsöe adsorptsiooniseadmete tööolekut, et tagada heitmete vastavus standarditele. Operaatorid peavad rangelt järgima ohutusprotseduure ja kandma vajalikke kaitsevahendeid, nagu kindad, maskid ja kaitseprille. Seadmel olevad hädaseiskamisseadmed, temperatuuri- ja rõhualarmsüsteemid peavad olema töökorras.